S.T.A.L.K.E.R. Зов Припяти: Действия игры разворачиваются спустя несколько недель после событий, изложенных в игре «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля». После того, как протагонист оригинала Меченый отключил «выжигатель мозгов», проход к центру Зоны оказался открыт. Правительство решает провести крупномасштабную военную операцию «Фарватер» по взятию ЧАЭС под свой контроль. Согласно плану этой операции, первая группа военных должна направиться для воздушной разведки территории, чтобы в последствии составить детальные планы расположения аномальных полей. Затем по отмеченным безопасным проходам выдвинуться основные силы военных.
